Село Байкит подвержено спектру опасных природных явлений, таких как лесные пожары, наводнения и паводки.
Координирующим органом по предупреждению и ликвидации ЧС, организации и осуществлению мероприятий по гражданской обороне, защите населения и территории поселения с. Байкит от ЧС, контролю над организацией мероприятий по обеспечению первичных мер пожарной безопасности в границах поселения село Байкит является Комиссия по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и обеспечению пожарной безопасности Администрации с. Байкит. Комиссию по чрезвычайным ситуациям возглавляет Глава села Байкит. Оперативным органом по руководству и координации мероприятий по ликвидации ЧС и взаимодействию с органами исполнительной власти, организациями и предприятиями при ликвидации ЧС является Оперативный штаб по чрезвычайным ситуациям. Оперативный штаб возглавляет Глава села Байкит или лицо, им уполномоченное. Для ликвидации чрезвычайной ситуации на территории сельского поселения с. Байкит создаются местные (муниципальные) резервы финансовых и материальных ресурсов.